Thông tư liên tịch (gồm 3 chương, 19 điều) quy định: Đồ án QH NTM mới phải tuân thủ các đồ án QH cấp trên đã được phê duyệt (QH vùng huyện, vùng tỉnh, QH chung đô thị…). Đối với những xã đã có QH đáp ứng các tiêu chí về xây dựng xã NTM thì không phải phê duyệt lại. Đối với những xã đã và đang lập QH sử dụng đất thời kỳ 2011- 2020 cần phải rà soát, bổ sung để phù hợp với việc lập QH theo Thông tư này. QH NTM được duyệt là cơ sở để quản lý sử dụng đất, lập dự án xây dựng NTM trên địa bàn.
Thông tư nêu rõ: Trong quá trình lập đồ án QH NTM, UBND xã chịu trách nhiệm lấy ý kiến của cộng đồng dân cư trước khi thông qua Hội HĐND xã về các nội dung như định hướng cơ bản về phát triển dân cư, các công trình hạ tầng công cộng, phát triển sản xuất nông nghiệp, công nghiệp, dịch vụ, môi trường...
Về trình tự lập QH, Thông tư liên tịch quy định: Trước khi tiến hành lập đồ án QH NMT, UBND xã tổ chức lập nhiệm vụ quy hoạch và trình UBND huyện phê duyệt. Sau khi nhiệm vụ QH được duyệt, UBND xã tổ chức lập đồ án QH, quy định quản lý theo QH và thông qua HĐND xã trước khi trình UBND huyện phê duyệt. Đối với những xã thí điểm không tổ chức HĐND xã thì UBND xã tổ chức lấy ý kiến các ban, ngành trong xã trước khi trình UBND huyện phê duyệt. Sau khi đồ án được phê duyệt, UBND xã có trách nhiệm tổ chức thực hiện và quản lý theo QH ở các nội dung: Tổ chức công bố, công khai và cung cấp thông tin quy hoạch; cắm mốc chỉ giới các công trình hạ tầng kỹ thuật và ranh giới phân khu chức năng; xác định cụ thể diện tích, ranh giới đất lúa nước, đất rừng đặc dụng, đất rừng phòng hộ ngoài thực địavà lưu trữ hồ sơ QH NTM mới.
Kinh phí QH do Ngân sách Nhà nước cấp. UBND cấp tỉnh có trách nhiệm chủ động lập kế hoạch kinh phí QH và quy định mức kinh phí QH cho cấp xã phù hợp với thực tế trong tỉnh. Mức kinh phí cụ thể tham khảo sổ tay hướng dẫn xây dựng NTM của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Thông tư liên tịch cũng nêu rõ lập đồ án QH NTM phải bao gồm6 nội dung. Thứ nhất, phân tích và đánh giá hiện trạng tổng hợp. Thứ hai, dự báo tiềm năng và định hướng phát triển. Thứ ba, QH không gian tổng thể toàn xã. Thứ tư, QH sử dụng đất. Thứ năm, QH sản xuất.Thứ 6, QH xây dựng.Từng nội dung nêu trên đều được hướng dẫn cụ thể trong thông tư lịch tịch.
Về thành phần hồ sơ, đồ án QH NTM yêu cầu bản vẽ được thể hiện trên nền bản đồ hiện trạng sử dụng đất có tỷ lệ từ 1/5.000 đến 1/10.000. Riêng đối với các xã có diện tích từ 20.000 ha trở lên thể hiện trên bản đồ tỷ lệ 1/25.000, bao gồmbản vẽ hiện trạng tổng hợp;bản đồ hiện trạng sử dụng đất; bản vẽ định hướng QH phát triển không gian xã NTM; bản đồquy hoạch sử dụng đất; bản vẽ QH nông nghiệp; bản vẽ QH xây dựng và bản vẽ quy hoạch hạ tầng kỹ thuật.
Đối với các khu trung tâm, khu dân cư, khu vực sản xuất nông nghiệp thể hiện trên bản đồ tỷ lệ 1/2.000, cần thể hiện rõ: Hệ thống giao thông nội khu (đến lô 1 ha trở lên); hệ thống cấp điện; hệ thống cấp nước sản xuất và thoát nước thải; khu vực xử lý môi trường.
Về tổ chức thực hiện, thông tư cũng quy định: Bộ Xây dựng chủ trì, phối hợp với Bộ NN&PTNT, Bộ TN&MT giúp Ban chỉ đạo Trung ương về Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới kiểm tra, đẩy mạnh công tác QH NTM, định kỳ 6 tháng báo cáo Ban chỉ đạo.
UBNDxã là chủ đầu tư, có trách nhiệm tổ chức lập, trình UBND huyện phê duyệt nhiệm vụ và đồ án QH NTM.
Phòng hạ tầng, phòng NN&PTNT, phòng TN&MT huyện có trách nhiệm thẩm định nhiệm vụ và đồ án QH NTM trước khi trình UBND huyện.
UBNDhuyện quyết định phê duyệt nhiệm vụ và đồ án QH NTM, đồng thời ban hành quy định quản lý xây dựng theo đồ án QH.
Sở Xây dựng (Sở QH-KTđối với TP Hà Nội và TP.HCM) chủ trì, phối hợp với các Sở: NN&PTNT,TN&MThướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện QH NTM (đối với năng lực tư vấn, chất lượng đồ án và việc thực hiện theo QH được phê duyệt) và chịu trách nhiệm tổ chức đào tạo, tập huấn kiến thức về lập, quản lý QH NTM trên địa bàn.