Một điểm đáng chú ý nhất là Quốc hội chưa đưa việc thu thuế đối với nhà ở vào Luật.
Theo báo cáo tiếp thu, chỉnh lý dự án Luật thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng chưa nên đưa nhà ở vào diện chịu thuế tại thời điểm hiện nay vì chưa có sự đồng thuận cao. Hơn nữa, khi nền kinh tế của Việt Nam chưa thực sự ổn định, đời sống người dân còn nhiều khó khăn, việc áp dụng thuế nhà ở sẽ tác động đến tâm lý và làm tăng thêm nghĩa vụ tài chính đối với một bộ phận rất lớn người dân. Ngoài ra, nhiều nước có nền kinh tế phát triển cũng chưa đưa nhà vào diện chịu thuế.
Một trong những mục tiêu áp dụng thuế đối với nhà ở là góp phần hạn chế đầu cơ nhà ở, song trên thực tế, giá trị nhà ở gắn liền với giá trị đất và thực chất, về cơ bản vẫn là đầu cơ đất.
Mặt khác, Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng việc áp dụng công cụ thuế để điều tiết đối với thị trường nhà, đất là cần thiết nhưng chỉ có thể góp phần làm hạn chế đầu cơ. Việc chống đầu cơ nhà, đất cần áp dụng đồng bộ các giải pháp, trong đó có thuế thu nhập cá nhân, thuế thu nhập doanh nghiệp...
Xuất phát từ lý do trên, đồng thời thống nhất với ý kiến của đa số đại biểu Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội xin chưa quy định về thuế đối với nhà ở và chỉ giữ lại các quy định về thuế áp dụng đối với đất.
Về diện tích đất chịu thuế, nhiều ý kiến đại biểu Quốc hội cho rằng cần thu thuế đối với diện tích đất lấn, chiếm. Tuy nhiên, một số ý kiến cho rằng không nên quy định việc thu thuế đối với đất lấn, chiếm vì việc thu thuế có thể là hình thức công nhận tính hợp pháp của đất lấn, chiếm, dẫn đến không chặt chẽ trong quản lý.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho rằng trên thực tế, tình trạng lấn, chiếm đất vẫn đang xảy ra. Một số trường hợp diện tích đất lấn, chiếm còn lớn hơn diện tích ghi trong giấy chứng nhận. Mặt khác, theo quy định của pháp luật hiện hành thì Nhà nước vẫn đang thu thuế đối với toàn bộ diện tích đất sử dụng thực tế, kể cả đối với đất lấn, chiếm mà không phụ thuộc vào việc toàn bộ diện tích đất đó có ghi trong giấy chứng nhận hay không. Vì vậy, để quy định của luật phù hợp thực tiễn, mang tính kế thừa các quy định hiện hành, tránh sơ hở dẫn đến thất thoát nguồn thu ngân sách nhà nước, không công bằng trong thực hiện nghĩa vụ thuế, thống nhất theo đa số ý kiến đại biểu Quốc hội, đa số ý kiến trong Ủy ban Thường vụ Quốc hội đề nghị quy định theo hướng: diện tích đất chịu thuế là diện tích sử dụng thực tế; khẳng định rõ việc thu thuế đối với diện tích đất lấn, chiếm không phải là căn cứ công nhận tính hợp pháp của diện tích này; đồng thời đề nghị các cơ quan chức năng cần có biện pháp xử lý theo quy định của pháp luật đối với hành vi lấn, chiếm.
Theo đó, Quốc hội đã nhất trí quy định trong luật: Đất lấn, chiếm áp dụng mức thuế suất 0,2% và không áp dụng hạn mức. Việc nộp thuế không phải là căn cứ để công nhận quyền sử dụng đất hợp pháp của người nộp thuế đối với diện tích đất lấn, chiếm.
Về thuế suất, từ thực tế ở Việt Nam, tình trạng đầu cơ đất đai diễn ra ngày càng phức tạp, trở thành vấn đề bức xúc trong quản lý, ảnh hưởng lớn đến tính lành mạnh của thị trường bất động sản, đồng thời dẫn đến lãng phí nguồn lực tài nguyên đất đai, Quốc hội đã quyết định điều chỉnh và quy định vào luật mức thuế suất đối với phần diện tích đất ở vượt không quá 3 lần hạn mức thuế suất từ 0,06% lên 0,07%; phần diện tích vượt trên 3 lần hạn mức thuế suất từ 0,1% lên 0,15%, đất sử dụng không đúng mục đích, chưa sử dụng theo quy định cũng tăng mức thuế suất từ 0,1% lên 0,15%; riêng đối với đất lấn, chiếm từ 0,15% lên 0,2%.
Hạn mức đất ở làm căn cứ tính thuế là hạn mức giao đất ở mới theo quy định của Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, kể từ ngày Luật này có hiệu lực thi hành. Người nộp thuế được lựa chọn hạn mức đất ở tại một huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh nơi có quyền sử dụng đất. Trường hợp có một hoặc nhiều thửa đất ở vượt hạn mức thì người nộp thuế được lựa chọn một nơi có thửa đất ở vượt hạn mức để xác định diện tích vượt hạn mức của các thửa đất.
Về đối tượng không chịu thuế, để tiếp tục thể hiện sự hỗ trợ của Nhà nước đối với thương binh, bệnh binh, Luật đã quy định miễn thuế đối với doanh nghiệp sử dụng trên 50% số lao động là thương binh, bệnh binh và giảm 50% số thuế phải nộp đối với doanh nghiệp sử dụng từ 20% đến 50% số lao động là thương binh, bệnh binh. Đồng thời, Luật cũng miễn thuế đối với đất có nhà vườn được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác nhận là di tích lịch sử văn hoá.
Quốc hội cũng nhất trí bổ sung các đối tượng: Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân, nhà đại đoàn kết, cơ sở nuôi dưỡng người già, cô đơn, người khuyết tật, cơ sở chữa bệnh xã hội (trong đó bao hàm cơ sở chữa bệnh cho người nhiễm HIV, trại cai nghiện, cơ sở phục hồi nhân phẩm, cơ sở chữa bệnh hủi...), người có công nuôi dưỡng liệt sỹ khi còn nhỏ (bao gồm cả bố, mẹ nuôi, anh, chị, em và những người có công nuôi dưỡng liệt sỹ được quy định trong Pháp lệnh ưu đãi người có công với cách mạng) vào diện miễn thuế trong luật.
Luật thuế sử dụng đất phi nông nghiệp sẽ có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2012.