Năm 2009, Thanh tra Bộ Xây dựng đã tổ chức 6 đoàn thanh tra hành chính và phòng, chống tham nhũng (1 đoàn có kết luận; 5 đoàn đã kết thúc thanh tra, đang hoàn thiện báo cáo kết quả thanh tra, dự thảo kết luận thanh tra trình lãnh đạo Bộ ký kết luận), 9 đoàn thanh tra, kiểm tra chuyên ngành (4 đoàn đã công bố kết luận thanh tra; 5 đoàn đang hoàn thiện báo cáo kết luận thanh tra, dự thảo kết luận thanh tra trình lãnh đạo Bộ ký kết luận). Trong năm 2009, Thanh tra Bộ Xây dựng đã công bố kết luận của 5 đoàn theo kế hoạch thanh tra năm 2008 chuyển sang.
Qua thanh tra, Thanh tra Bộ đã chỉ ra các sai phạm, thiếu sót trong việc quản lý tài chính; phê duyệt thiết kế kỹ thuật, tổng dự toán; đấu thầu; quản lý chất lượng công trình; mua bảo hiểm công trình và nghiệm thu, thanh toán… Các đoàn thanh tra đã kiến nghị xử lý về mặt tài chính: Thu hồi nộp ngân sách Nhà nước trên 1,8 tỷ đồng; trên 6,2 tỷ đồng tiền miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp; giảm trừ, không đưa vào quyết toán trên 19,4 tỷ đồng; yêu cầu các đối tượng thanh tra nộp vào ngân sách Nhà nước các khoản thuế bổ sung trên 442 triệu đồng; xử phạt hành chính trong hoạt động xây dựng theo Nghị định 126/2004/NĐ-CP ngày 26/5/2004 số tiền 286 triệu đồng.
Năm 2009, Thanh tra Bộ Xây dựng tiếp gần 600 lượt công dân, tiếp nhận 1.000 lượt đơn thư của 180 vụ việc khiếu nại (KN), tố cáo (TC), kiến nghị mới. Trong đó, 175 vụ việc có nội dung KN, 5 vụ việc có nội dung TC, còn lại là các đơn thư trùng lặp. Thanh tra Bộ đã phối hợp và chỉ đạo tiến hành xác minh, kiểm tra, giải quyết đơn thư của công dân đúng trình tự, pháp luật. Tham mưu và trình ký lãnh đạo Bộ ban hành 112 văn bản, trong đó, 60 công văn giải quyết KN của công dân; 9 công văn báo cáo Thủ tướng Chính phủ; 16 công văn trả lời Quốc hội, Đại biểu Quốc hội, văn phòng Chính phủ, Thanh tra Chính phủ; 27 công văn trao đổi, giải đáp chính sách cho các địa phương; ban hành 184 văn bản giải quyết KN, TC theo thẩm quyền.