Ngày 20/6/2007 Bộ Xây dựng đã có công văn số 1318/BXD-KTTC trả lời Bộ Giao thông Vận tải Về chi phí Ban Quản lý Dự án Hàng Hải - Trường Đại học Hàng Hải như sau:
Việc thực hiện các công việc chuyển tiếp của dự án theo hướng dẫn tại phần III Thông tư số 08/2005/TT - BXD ngày 06/5/2005 của Bộ Xây dựng về hướng dẫn một số nội dung về lập, thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư xây dựng công trình và xử lý chuyển tiếp thực hiện Nghị định số 16/2005/NĐ - CP ngày 07/02/2005 của Chính phủ; Theo đó các chi phí tư vấn đầu tư xây dựng của dự án được thực hiện như sau: Trong giai đoạn kể từ khi bắt đầu dự án cho đến thời điểm Quyết định số 10/2005/QĐ-BXD ngày 15/4/2005 của Bộ trưởng Bộ Xây dựng về việc ban hành Định mức chi phí quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình có hiệu lực thì việc tính chi phí quản lý dự án sẽ được thực hiện theo các quy định hiện hành trước đó tương ứng với các giá trị xây lắp đã được thực hiện trong giai đoạn này; Trong giai đoạn còn lại, việc tính chi phí quản lý dự án sẽ được thực hiện theo Quyết định số 10/2005/QĐ-BXD tương ứng với giá trị xây lắp còn lại hay thực hiện theo các quy định trước ngày có hiệu lực của quyết định này do người quyết định đầu tư quyết định trên nguyên tắc mang lại hiệu quả cho dự án và dự án không bị ách tắc.
Trung tâm Tin học